За основу герба муниципального образования город Кронштадт взят исторический герб портового города Кронштадта Санкт-Петербургской губернии, утвержденный дважды.

Кронштадтский герб входит в число 97 гербов, сочиненных «отцом русской геральдики», «товарищем герольдмейстера», графом Франциском Санти, которые он создал до июня 1727 г., то есть до момента ареста. 3 марта 1730 г. императрица Анна Иоанновна утвердила гербовник российских городов и провинций, основанный на проектах Ф. Санти, но окончательно составленный генералом (позднее фельдмаршалом) графом Б. К. Минихом при помощи художника А. Баранова. Сохранилось несколько официальных копий, в т. ч. использовавшаяся позднее в Герольдии - РГИА. Ф. 1411. Оп. 1. Д. 1. (Гербы знамен Российской Империи, содержащих рисунки гербов городов, провинций, княжеств, а также полков их гербов и знаков 1730-1778 гг.). Оригинал опубликован: Висковатов А. В. Историческое описание одежды и вооружения российских войск с рисунками, составленное по высочайшему повелению. СПб. 1899. Ч.2. С. 113,256-257; Лакиер А. Б. Русская геральдика. М. 1990. Репринт издания 1855 г. С. 184-189.

«Кронштадской. Половина поля вдоль красная, а другая лазоревая; на лазоревом караульная высокая башня с фонарем, на верху корона, а на красном фоне черный котел; кругом острова вода»; «В золотом щите, на двойном поле левой, голубой половине, белая высокая караульная башня, с фонарем и золотою короною, в правой, красной на зеленой земле, подле воды, черный котел».

Во второй раз городской герб был утвержден императрицей Екатериной II 7 мая 1780 г.: «Щит разрезан на двое, в первой части в голубом поле посеребренная башня с маяком; а во второй части, в красном поле, черный котел, кругом острова вода» (Первое полное Собрание Законов Российской Империи. Т. XX. Т. 15012.). Описание и рисунок были подготовлены для рассмотрения их Сенатом герольдмейстером А. А. Волковым. Фактически, это герб Кронштадта 1730 г.

В 2009 году в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 27 апреля 2009 года №462 "О присвоении г. Кронштадту почетного звания Российской Федерации "Город воинской славы" городу Кронштадту за мужество, стойкость и массовый героизм, проявленный защитниками города в борьбе за свободу и независимость Отечества, присвоено почётное звание Российской Федерации "Город воинской славы". В 2012 году Геральдическим советом при Президенте Российской Федерации как знак демонтрации наличия у муниципального образвоания почётного звания "Город воинской славы" предложено помещать позади короны два обнажённых меча рукоятями вниз.

Изображение герба Кронштадта (1780 г.) приведено в источниках:

1)   РГИА. Ф. 1411. Оп. 2. Д. 234. Жалованная грамота городу Кронштадту.

2)  Российская Национальная библиотека. Отдел рукописей и редкой книги. Ф. Эрмитажное собрание. Д. 558. Л. 113. Туманский Ф. Опыт повествования о деяниях, положении, состоянии и разделении Санктпетербургския губернии, включая народы и селения от времен древних до ныне, разположенный на три отделения с прибавлениями. 1789-1790.

3)   Российская Национальная библиотека. Отдел рукописей и редкой книги. Ф. Эрмитажное собрание. Д. 112. Л. 141. Талызин Л. И. Руководство к геральдике, то есть наука о гербах. Конец XVIII в. Подносной экземпляр императрице Екатерине II.

4)   Полное  собрание законов Российской Империи  (Собрание  первое).  Книга чертежей и рисунков (Рисунки гербам городов).

5)   РГИА.   Ф. 1411.   Оп. 1.   Д. 5.   Л. 82.   Собрание   высочайше   утвержденных городских и местных гербов, расположенных в азбучном порядке в пяти томах. Составлен по распоряжению герольдмейстера Рейтерна Гербовым отделением Департамента Герольдии Правительствующего Сената в 1887 г. Кн. III. Л. 367.

6)   Государственный   исторический   музей   (г.   Москва).    Отдел   письменных источников.   Ф. 96.   Ед. 311.   Изображение   гербов   Российской   Империи. Подносной     экземпляр     императрице     Екатерине II,     выполненной     в  Герольдмейстерской     конторе     в     80-е гг.     XVIII в.     герольдмейстером А. А. Волковым. 317 акварельных рисунков гербов, описания гербов.

Императорская корона, венчающая маяк говорит о том, что Кронштадт - крепость, защита Петербурга, и о том что Кронштадт- столица Российского флота. Корона-память об основателе Кронштадта и русского флота - Петре I. Датой основания города принято считать 18 мая 1704 г., когда при личном участии Петра I освящен первый морской форт Кроншлот (голланд. Kronslot - коронный замок). Маяк был установлен на острове еще до постройки крепости. Первоначально город именовался «крепостью на Котлине острове». Город и крепость на острове Котлин 18 октября 1723 г. по велению Петра I получили современное название Кронштадт (нем. Kronstadt -коронный город). Город был создан по замыслу царя Петра I. Предназначение города - стать форпостом государства на западе, городом, где вся жизнь подчинена военно-морскому флоту. За всю свою историю Кронштадт не пропустил ни одного вражеского корабля и ни разу нога неприятеля не ступала на его землю.

Черный котел на зеленом острове - одна из версий происхождения названия острова Котлин. Эту легенду предложил Н. А. Бестужев, один из братьев - декабристов,  историограф  флота.  Петр I, высадившись  на остров,  обнаружил  на острове котел, оставленный бежавшими шведами. Но, разумеется, это легенда, и остров имел свое название еще в давние времена.

Серебро - чистота, невинность.

Червлень (красный) - цвет Марса, бога войны, то есть обозначает, что Кронштадт - город военный. Символ храбрости и мужества.

Лазурь (синий, голубой) - цвет моря - военный город на море, город морской славы России. Символ красоты и величия.

Зелень - надежда, изобилие.